El Tribunal Económico-Administrativo Central ha actualizado su doctrina en relación con la rectificación del IVA repercutido en exceso, permitiendo a los contribuyentes elegir entre dos métodos distintos para recuperar las cuotas pagadas en exceso. Esta resolución, emitida el 24 de marzo de 2026 (R.G. 06764/2024), representa un cambio significativo en la interpretación del artículo 89.Cinco de la Ley del IVA, reafirmando el principio de neutralidad tributaria frente a enfoques excesivamente formales.

Nuevas opciones para la recuperación del IVA

Con el nuevo criterio, los contribuyentes tienen la opción de solicitar la rectificación de la autoliquidación original de acuerdo con el artículo 120.3 de la Ley General Tributaria o regularizar las cuotas en una autoliquidación posterior utilizando el mecanismo establecido en el artículo 89.Cinco.b) de la Ley del IVA. Este cambio es significativo, ya que el TEAC ha abandonado la distinción que mantenía desde 2016 entre ingresos “debidos” e “indebidos” para determinar el procedimiento aplicable.

Contexto del conflicto jurídico

El caso que motivó esta resolución se originó en una Unión Temporal de Empresas (UTE) que había emitido facturas por trabajos de urbanización, incluyendo IVA en las mismas. Sin embargo, un laudo arbitral de 2022 determinó que se habían pagado cantidades en exceso. En consecuencia, la UTE emitió facturas rectificativas y solicitó la rectificación de las autoliquidaciones de IVA correspondientes a los años 2009 y 2010. La Agencia Tributaria rechazó esta solicitud, argumentando que las cuotas inicialmente repercutidas se habían ingresado correctamente según la información disponible en ese momento.

Adaptación a la jurisprudencia reciente

El TEAC ha modificado su postura para alinearse con la jurisprudencia más reciente del Tribunal Supremo y de la Audiencia Nacional. La resolución menciona sentencias del Tribunal Supremo de 5 de febrero de 2018 y 27 de septiembre de 2022, así como una sentencia de la Audiencia Nacional de 12 de abril de 2021, que favorecen una interpretación más benigna para el contribuyente. Estas decisiones judiciales subrayan que el sujeto pasivo no debe quedar en una situación desventajosa en comparación con el destinatario de la operación.

Principio de neutralidad del IVA

El TEAC fundamenta su razonamiento en el principio de neutralidad del IVA, que establece que el impuesto no debe imponer cargas económicas definitivas a los empresarios o profesionales cuando se puede demostrar y corregir el exceso repercutido. Limitar al sujeto pasivo a una única vía procedimental podría resultar en efectos desproporcionados y restringir injustificadamente su derecho a recuperar las cuotas pagadas en exceso.

Opciones disponibles para los contribuyentes

Con el nuevo criterio, los contribuyentes pueden optar por dos alternativas. La primera es solicitar la rectificación de la autoliquidación original bajo el artículo 120.3 LGT, lo cual puede hacerse dentro del plazo general de prescripción de cuatro años. La segunda opción permite regularizar las cuotas a través de su inclusión en la autoliquidación correspondiente al periodo en que se emite la factura rectificativa o en periodos posteriores, respetando el límite de un año establecido en el artículo 89.Cinco.b) LIVA.

El TEAC aclara que ambas opciones son compatibles y que la elección corresponde al obligado tributario, sin que sea relevante determinar si el ingreso inicial era debido o indebido en el momento de su realización. Sin embargo, la Agencia Estatal de Administración Tributaria (AEAT) podrá verificar el cumplimiento de los requisitos materiales y formales exigidos por la normativa tributaria en cada caso específico.

Implicaciones prácticas para empresas y operadores

Esta resolución tiene importantes implicaciones prácticas para empresas, promotores inmobiliarios y operadores que necesiten rectificar operaciones complejas afectadas por resoluciones judiciales, arbitrales o cambios posteriores en la base imponible. El nuevo criterio amplía las posibilidades de recuperación del IVA y disminuye la inseguridad jurídica que puede surgir de interpretaciones restrictivas por parte de la Administración tributaria.